Gegründet wurde die FAZIT-STIFTUNG Gemeinnützige Verlagsgesellschaft mbH im Jahr 1959, indem die damalige Mehrheitsgesellschafterin der Frankfurter Allgemeine Zeitung, die Allgemeine Verlagsgesellschaft mbH, in die FAZIT-STIFTUNG Gemeinnützige Verlagsgesellschaft mbH umgewandelt wurde.
Die Gründer der F.A.Z., allen voran der Herausgeber Erich Welter, hatten lange überlegt, wie die redaktionelle und unternehmerische Unabhängigkeit der Zeitung wirkungsvoll und dauerhaft gesichert werden könnte. Die Erfahrung, wie politische und wirtschaftliche Gruppierungen über eine Mehrheitsbeteiligung in der Lage sein konnten, Einfluss auf die redaktionelle Gestaltung einer Zeitung zu nehmen, war aus der Zeit der Weimarer Republik noch gegenwärtig. Eine gemeinnützige Stiftung als Mehrheitsgesellschafterin wurde als die beste Lösung angesehen, die Unabhängigkeit der Zeitung institutionell zu verankern.
Am 25. April 1959 hieß es in der Deutschland-Ausgabe der F.A.Z.:
„Um die Unabhängigkeit der Frankfurter Allgemeine Zeitung von Regierung, Parteien sowie von politischen und wirtschaftlichen Interessentengruppen und von einzelnen Personen auch für die Zukunft zu schützen, ist jetzt eine Stiftung errichtet worden, die hinfort die ausschlaggebende Mehrheit der Anteile der Frankfurter Allgemeinen Zeitung verwaltet. Der Name der Stiftung lautet FAZIT-STIFTUNG Gemeinnützige Verlagsgesellschaft mbH. Ihr gemeinnütziger Charakter ist unwiderruflich.“
Die FAZIT-STIFTUNG wird in der rechtlichen Form einer gemeinnützigen Gesellschaft mit beschränkter Haftung (gGmbH) geführt. Sie hat bis zu neun Gesellschafter, die Kuratoren. Zurzeit sind acht Kuratorinnen und Kuratoren und zwei Geschäftsführer im Amt.
Wer Gesellschafter wird, entscheiden die übrigen Mitglieder des Kuratoriums durch Beschluss. Es sollen nur solche Personen Gesellschafter werden, die nach ihrer Stellung und Persönlichkeit die Gewähr für den Erhalt der steuerlichen Gemeinnützigkeit der Gesellschaft und für die Wahrung der Unabhängigkeit der Frankfurter Allgemeine Zeitung bieten. Geschäftsanteile werden vertraglich übertragen. Die Gesellschafter müssen sich bei Erwerb der Beteiligung verpflichten, bei ihrem Ausscheiden ihren Anteil wiederum unentgeltlich an den Nachfolger abzutreten.